Ok, eu sei que usar cliente de FTP é coisa do passado, mas quem não tem um projeto sem o deployment automatizado que atire a primeira pedra.

Na versão 3.0.8 do Filezilla foi adicionado o suporte a chaves públicas nas conexões por SFTP. Com isso, podemos aproveitar a mesma chave que usamos para conectar sem senha por ssh para autenticar no cliente de FTP.

Instalando a nova versão

1. Baixe a versão atualizada do Filezilla: 3.2.7.1.
2. Descompacte o arquivo em /opt/:
   $ sudo tar -C /opt -xvjf FileZilla_3.2.7.1_i586-linux-gnu.tar.bz2
3. Crie um link simbólico:
   $ sudo ln -s /opt/FileZilla3/bin/filezilla /usr/bin/filezilla

Convertendo sua chave privada para o formato .ppk:

1. Já com o Filezilla aberto, acesse Editar -> Configurações
2. No menu interno, selecione Conexão -> SFTP
3. Clique no botão Adicionar keyfile
4. Localize e selecione sua chave privada (Provavelmente ela deve estar em ~/.ssh/id_rsa)
5. O Filezilla irá informar que a chave não está num formato suportado e se oferecerá para converte-la. Responda Sim.
6. Escolha o local para salvar a chave convertida para o formato do Putty. Sugiro manter no mesmo diretório ~/.ssh/
7. Pronto. Nos hosts que sua chave for autorizada, o Filezilla não pedirá mais senha nas conexões por SFTP.

Criando uma conexão:

1. Acesse Arquivo -> Gerenciador de sites
2. Clique em Novo site
3. Preencha apenas os campos:
   1. Host: dominio.com
   2. Tipo de servidor: SFTP – SSH File Transfer Protocol
   3. Tipo de login: Normal
   4. Usuário: seulogin